Окончил Тбилисский медицинский институт (1946), работал на кафедре оперативной хирургии в Институте усовершенствования врачей Грузинской ССР. Под руководством П. А. Куприянова окончил адъюнктуру Военно-медицинской Академии им. С. М. Кирова в Ленинграде, затем работал там же ординатором клиники факультетской хирургии. В 1957 - 1960 гг. — старший научный сотрудник Института хирургии имени А. В. Вишневского АМН СССР. С 1960 года — заведующий отделом врожденных пороков сердца, а с 1966 — директор Института сердечно-сосудистой хирургии АМН СССР.
Бураковский является автором научных трудов и разработок по хирургическому лечению врожденных пороков сердца у детей; применению гипербарической оксигенации (Ленинская премия, совместно с Л. А. Бокерия), искусственного кровообращения и гипотермии в кардиохирургии; пересадке сердца. Ему принадлежит особая роль в становлении и развитии Научного центра сердечно-сосудистой хирургии (НЦССХ). Особой заслугой является создание им коллектива специалистов (в их числе Л. А. Бокерия, нынешний директор НЦССХ им А. Н. Бакулева), осуществляющих несколько тысяч операций на сердце и магистральных сосудах в год, в том числе у детей, своей научной школы, направления математического моделирования и целевых исследовательских программ, разработка новых операций и пособий.
Бураковский первым в мире осуществил протезирование клапана легочной артерии при его врожденной атрезии, истмопластику при коарктации аорты у грудного ребенка и одномоментное устранение стеноза и коарктации аорты на выключенном из кровообращения сердце. Он первым в стране успешно выполнил многие операции по поводу врожденных пороков сердца, в том числе у детей раннего возраста.
Имя В. И. Бураковского носит Институт кардиохирургии, входящий в состав НЦССХ им А. Н. Бакулева.