Родился в семье юриста. Получил образование в Париже и некоторое время занимался литературой: опубликовал несколько переводов с древних языков и издал написанную им историческую хронику о шотландской королеве Марии Стюарт (1674). Затем он более десяти лет занимал судебно-административные должности в Нормандии и постепенно начал интересоваться экономическими вопросами. В 1696 году он издал свою первую книгу «Подробное описание положения Франции, причины падения ее благосостояния и простые способы восстановления, или как за один месяц доставить королю все деньги, в которых он нуждается, и обогатить все население». Книга была издана анонимно, так как поднимала многие злободневные вопросы, в частности Буагильбер предлагал обложить налогами дворянство и церковь, ввести свободный рынок зерна и ослабить ограничения на внутреннюю торговлю. Долгое время его идеи оставались незамеченными, однако в 1705 году ему была дана возможность проверить в одном из округов свои взгляды на практике. Эксперимент окончился неудачей, а вскоре последовала ссылка, по возвращении из которой Буагильбер больше не занимался активной деятельностью.
Буагильбер считается предшественником французской школы экономистов-физиократов. Он резко критиковал меркантилистическую доктрину Ж.-Б. Кольбера. Этим его воззрения отличаются от взглядов английского экономиста У. Петти, также являющегося одним из основоположников классической политической экономии и также стоявшего у истоков трудовой теории стоимости. В отличие от Петти Буагильбер в своих основных работах «Рассуждение о природе богатства, денег и налогов» и «Исследование о редкости денег» критиковал меркантилистическое обожествление денег, оставляя им строго ограниченную роль залога при товарном обмене. Он фактически приравнивал меновую стоимость товара к рабочему времени, определяя «истинную стоимость» правильной пропорцией, в которое рабочее время индивидуумов разделяется между отдельными отраслями производства, и представляя свободную конкуренцию как общественный процесс, который устанавливает эту правильную пропорцию. Буагильбер пытался искать экономические закономерности не в сфере обращения, а в сфере производства, считая первоосновой экономики сельское хозяйство. Он находил политику поддержания искусственно низких цен на зерно крайне вредной, так как эти цены не покрывают издержек производства, зато с отменой максимальных цен рыночные цены на зерно повысятся, это увеличит доходы крестьян и их спрос на промышленные изделия, далее возрастет производство этих изделий, наступит хозяйственный подъем и повышение благосостояния народа, а значит и государства. Само же государство с помощью разумной налоговой политики может поддерживать высокий уровень спроса и потребления в стране, что возможно лишь в условиях свободной конкуренции.