Беломо́рская вое́нная флоти́лия (БВФ) — военное формирование созданное в марте 1920 года из захваченных у белогвардейцев кораблей морских сил Белого моря и Северного Ледовитого океана. Позднее она вошла в состав Морских сил Северного моря, в задачу которых входили: охрана территориальных вод, побережья и рыбных промыслов, траление мин, подъем затонувших судов, обеспечение безопасности мореплавания, проведение гидрографических исследований. Их главной базой стал Архангельск. В январе 1923 года они были расформированы.
Вторично Беломорская военная флотилия была создана в августе 1941 года на основе Беломорской военно-морской базы Северного флота. Флотилия обеспечивала защиту арктических и внутренних морских путей, проводку до Архангельска транспортов из состава внешних конвоев, осуществляла оборону Белого моря, новоземельских проливов, портов и станций Северного морского пути. Корабли флотилии осуществляли минные постановки в Горле Белого моря и несли дозорную службу. В состав флотилии входили дивизион эсминцев и сторожевых кораблей, дивизион минных заградителей, бригада траления, Беломорский сектор береговой обороны. В конце августа 1941 года для обороны проливов Карские Ворота и Югорский Шар, портов и полярных станций в составе флотилии был создан Северный отряд (формировался на период арктической навигации на базе Амдерма, остров Диксон), в который кроме сторожевых кораблей и отряда вооруженных ледоколов входили береговые батареи и авиагруппы. С расширением операционной зоны были сформированы Новоземельская (в Белушьей Губе, в конце 1942) и Карская (на острове Диксон, в марте 1944) ВМБ. К началу 1942 года БВФ насчитывала 40 кораблей и до 100 катеров. За время войны флотилия обеспечила проводку более 2500 транспортных судов. Экипажи кораблей и самолетов флотилии героически защищали транспортные суда от подводных лодок гитлеровского флота. В историю вошли подвиги экипажей кораблей «Дежнев» и «Александр Сибиряков», вступивших в неравный бой с фашистским тяжелым крейсером «Адмирал Шеер». БВФ сыграла важную роль в Великой Отечественной войне, обеспечивая непрерывную деятельность внешних и внутренних морских коммуникаций в восточной части Баренцева моря, Белом и Карском морях. Флотилией командовали: В. Н. Варваци (март 1920 - май 1921), П. П. Михайлов (май 1921-январь 1923), М. М. Долинин (август - октябрь 1941), Г. А. Степанов (октябрь 1941 - март 1943), С. Г. Кучеров (март 1943 - август 1944), Ю. А. Пантелеев (август 1944-апрель 1945).
В апреле 1945 года Беломорская военная флотилия была расформирована, а на ее базе создан Беломорский оборонительный район.