Аутоиммуните́т (от иммунитет), способность иммунной системы распознавать и атаковать клетки собственного организма. В норме иммунная система не реагирует на клетки и ткани своего организма (см. Толерантность иммунологическая). В 80-х гг. 20 в. показано, что аутоиммунитет лежит не только в основе аутоиммунных заболеваний, но может быть связан и с выполнением нормальных физиологических функций, напр. с удалением старых и разрушенных клеток.