Шала́гин Анатолий Михайлович (р. 5 июля 1943, Комсомольск-на-Амуре) — российский ученый-физик, действительный член Российской академии наук (2011, член-корреспондент с 1991), специалист в области нелинейной спектроскопии, квантовой электроники и физической кинетики.
После окончания физического факультета Новосибирского университета (1965) Анатолий Шалагин был направлен на работу на кафедру физики Сибирского технологического института в Красноярске. C 1966 года он работал на инженерных должностях в Институте геологии и геофизики Сибирского отделения Академии наук СССР, Сибирском научно-исследовательском институте геологии, геофизики и минерального сырья. В 1969 году Шалагин включился в работу в области лазерной физики под руководством С.Г. Раутиана. В 1971-1973 годах он обучался в аспирантуре Института ядерной физики СО АН СССР, а затем работал в Институте спектроскопии АН СССР в Москве.
В 1977 году А.М. Шалагин вернулся в Новосибирск, где начал работать в лаборатории С.Г. Раутиана в Институте автоматики и электрометрии. В 1983 году он стал доктором физико-математических наук, в 1989 году возглавил собственную лабораторию проблем взаимодействия лазерного излучения с газовыми системами (позднее лаборатория нелинейной спектроскопии газов). Помимо научной работы А.М. Шалагин преподавал в Новосибирском университете, в 1992 году стал профессором, в 2002 году возглавил кафедру квантовой оптики. В 2003 году ученый возглавил Институт автоматики и электрометрии СО РАН.
Научная деятельность А.М. Шалагина посвящена исследованию проблем взаимодействия излучения с газовыми средами. Он заложил основы теории нелинейной спектроскопии сверхвысокого разрешения, развил теорию нелинейных резонансов; разработал и экспериментально реализовал разностный метод в поляризационной спектроскопии нелинейных резонансов; создал квазиклассический метод для вращательных степеней свободы при взаимодействии квантовой системы с внешними полями; открыл класс газокинетических явлений в поле резонансного излучения. Международную известность ученому принесли работы по светоиндуцированной газовой кинетике: обнаружение светоиндуцированного дрейфа частиц (СИД) и газокинетических эффектов, индуцированных резонансным излучением. А.М. Шалагин возглавлял редакцию журнала «Автометрия»..