Общество Мюнхенского зоологического сада было основано в феврале 1905, тогда же было выбрано нынешнее местоположение. Планировка и проекты большей части павильонов были созданы архитектором Эмануэлем Зайдль. Зоопарк был открыт для посещения 1 августа 1911. В 1922, вследствие финансового кризиса, зоопарк вынужден был закрыться. После полноценной реконструкции, в 1928 зоопарк был открыт вновь. Во время Второй мировой войны зоопарк значительно пострадал в результате бомбардировки союзников, однако уже в мае 1945 он смог принять первых посетителей.
Основными достопримечательности зоопарка являются старый павильон слонов (1914, его особенностью является крупнейший бетонный купол), новый павильон тропических лесов, аквариум, павильон летучих мышей «Вилла Дракулы». Одна из особенностей зоопарка — возможность посетить зоопарк вместе со своей собакой (в большинстве зоопарков это запрещено).
В зоопарке содержится 7, 7 тыс позвоночных (340 различных видов). В 2003 зоопарк посетило 1, 4 млн человек.