Судостроение и судоремонт, станкостроение. Предприятия нефтеперерабатывающей, химической, деревообрабатывающей, лесопильной, цементной промышленности. Центр морского рыболовства и рыбоконсервной промышленности. Университет.
В 15 в. здесь была построена крепость. В период Эдо (1600-1868) Хакодате был процветающим портом, торгующим морскими продуктами и мехами. В 1802 сегунат образовал здесь представительство для управления политическими, экономическими и военными делами Хоккайдо. Хакодате стал одним из первых портов, открытых в 1854 для иностранцев. В 1859 Хакодате оказался в числе трех (Иокогама, Нагасаки и Хакодате) портов страны, впервые открытых для международной торговли. На северо-востоке города под руководством французских специалистов в 1864 была построена пятиугольная крепость Горекаку (Goryokaku).
На склоне горы Хакодате сохранился т. н. «Западный квартал» эпохи Мэйдзи, построенный в стиле американских местечек времен освоения Дикого Запада. Здесь же находится русская православная церковь (1862, перестроена в 1917). С 1858 в Хакодате работало российское консульство, бывшее вплоть до открытия в 1874 посольства России в Токио единственным российским дипломатическим представительством в Японии. Первым российским консулом в Хакодате в декабре 1857 стал И. А. Гошкевич.
В городской черте множество горячих минеральных источников. С севера к городу примыкает природный заповедник Онума с большим заросшим озером и потухшим вулканом Комагатакэ.