Основан в 1472 в Ингольштадте как первый баварский университет, в 1800 (по другой версии в 1802) переведен в Ландсхут, с 1826 в Мюнхене. Мировую известность получили исследования ученых университета в области химии и химии природных соединений. В Мюнхенском университете работали выдающиеся ученые Ю. Либих, А. Байер (Нобелевская премия по химии, 1905), Р. Вильштеттер (Нобелевская премия по химии, 1915), Р. Кун (Нобелевская премия по химии, 1938), В. К. Рентген (нобелевская премия по физике, 1901).
В университете учились нобелевские лауреаты физики Х. А. Бете (1967), Г. Бинниг (1986), В. Гейзенберг (1932), Г. Герц (1926), В. Кеттерле (2001), М. фон Лауэ (1914), В. Паули (1945), М. Планк (1918), физиологи К. Э. Блох (1964), Ф. Линен (1964), К. фон Фриш (1973), Х. А. Кребс (1953), О. Леви (1936) химики Э. Бухнер (1907), Э. О. Фишер (1973), Х. Э. Фишер (1930), многие известные политики, в том числе президент Литвы В. Адамкус, Конрад Аденауэр, К. Карстенс, Г. Хайнеман, Р. Херцог, Т. Хейс.
В состав университета в 2005 входило 18 факультетов (каждый из факультетов имеет свой традиционный номер, не совпадающий с порядковым): католический богословский (1); евангелическо-богословский (2); юридический (3); управления и менеджмента (4); экономический (5); медицинский (7); ветеринарный (8); истории и культуры (9); философии, философии науки и религиоведения (10); психологии и педагогики (11); культурологический (12); филологический (13 или 14); общественных наук (15); математики, информатики и статистики (16); физики (17); химии и фармацевтики (18); биологии (19), географии и геологии (20).Научная часть университета включает 142 специализированных научно-исследовательских институтов, различные лаборатории, обсерватории, больницы; в библиотеке (основана в 1472) свыше 1 млн томов.
В 2005 обучалось около 48 тыс студентов, работало 12000 сотрудников, в том числе свыше 700 штатных профессоров.