Моско́вская духо́вная акаде́мия — центральное высшее учебное заведение Московского Патриархата, основана в 1687 году как Славяно-греко-латинская академия.
Академия осуществляет подготовку преподавателей, церковных ученых — специалистов в области богословия, философии, церковной истории и филологии, а также административных кадров для духовных учебных заведений, церковно-научных центров, синодальных и иных церковно-административных учреждений Русской Православной Церкви. К вступительным экзаменам в академию допускаются лица мужского пола, успешно окончившие духовную семинарию.
В составе академии 4 отделения: богословское, библейское, историческое, церковно-практическое. Научная работа ведется на кафедрах библеистики, богословия, церковной истории, филологии и церковно-практической. В структуре академии также Московская духовная семинария — высшее богословское учебное заведение Московского Патриархата, успешное окончание которой дает право поступления в духовную академию, а также рукоположение выпускников в священный сан; Регентская школа, которая готовит руководителей и певчих церковных хоров; Иконописная школа. Также функционируют отделы тюремного служения (оказывает христианскую духовно-нравственную помощь лицам, находящимся в местах лишения свободы), миссионерский, греко-латинский. Библиотека академии насчитывает более 250 тыс. экземпляров, в том числе свыше 1 тыс. рукописных и старопечатных книг 16-17 вв. В церковно-археологическом кабинете хранится коллекция памятников христианского искусства.
В 1687 году в Москве была основана Славяно-греко-латинская академия, которая размещалась в центре города в Заиконоспасском монастыре. Ее возглавили братья-монахи Иоанникий и Софроний Лихуды. На учебу принимались представители как духовного, так и светских сословий. В составе академии были три класса, или школы: нижняя — infima, средняя — media, верхняя — suprema. В нижней школе академии учились читать и писать по-гречески, в средней изучали греческую грамматику, в высшей преподавалась риторика, логика, естественная философия (физика), пиитика.
В 1701 году согласно указу Петра I в академии перестали преподавать греческий язык, и она стала именоваться Славяно-латинской. Оставаясь высшей духовной школой, она стала сословным учебным заведением, «кузницей кадров» для государственного аппарата Петра I. Не смирившись с преобладанием латыни, Софроний Лихуд организовал около 1707 года небольшую греческую школу в Москве, которая в 1735 году вошла в состав академии в качестве отдельного факультета. Преподавание греческого языка было восстановлено в 1738 году.
Расцвет академии связан с именем митрополита Платона (Левшина), который был назначен ее руководителем в 1775 году. Благодаря его реформе преподавание древних и новых языков, а также истории Русской церкви велось теперь на русском языке. В этот же период введен регламент духовной жизни воспитанников, который предписывал строго соблюдать положенные молитвенные правила и посты, регулярно посещать богослужения.
В 1814 году Славяно-греко-латинская академия была переведена из Москвы в Троице-Сергиеву Лавру (Сергиев-Посад). Обучение в академии было четырехлетнее, но набор производился раз в два года. Новая учебная программа вводилась постепенно. При начале занятий в 1814 году читались следующие предметы: истолкование Священного Писания, философия, всеобщая словесность, всеобщая гражданская история, математика, еврейский, греческий, немецкий, французский и английский языки. В 1816 году в программу был введен курс догматического богословия, в 1817 году — нравственного и обличительного богословия. Наряду с этими предметами в программу входили пастырское богословие, церковное красноречие, церковная история, с 1840 года — каноническое (церковное) право, с 1841 года — патристика, с 1842 года — метафизика, с 1843 года — история философии, с 1844 года — библейская история, русская гражданская история, церковная археология. В 1816 году было открыто общество «Ученые беседы» — первое научное студенческое общество.
В 1869 году был принят новый устав, который учредил высший орган академического правления — Совет во главе с ректором. Были расширены возможности поступления в академию: теперь принимались не только семинаристы, но и гимназисты, допускались также вольнослушатели.
В 1917 году Московская духовная академия была закрыта. В 1944 году открылся Православный богословский институт и Богословско-пастырские курсы в Москве. Это были первые учебные заведения Православной церкви при советской власти. В 1946 году Московский православный богословский институт был преобразован в Московскую духовную академию с четырехлетним курсом обучения. В 1947 году Московской патриархии была передана часть зданий Троице-Сергиевой Лавры, а в 1949 году туда были возвращены духовная академия и семинария. В 1951 году в академии был организован Церковно-археологический кабинет как база для преподавания церковной археологии.
В 1950-1970-х годах студенты и преподаватели академии неоднократно подвергались гонениям со стороны властей — вводились различные меры, приводившие к сокращению студентов духовных учебных заведений. С середины 1970-х годов условия существования Московских духовных школ несколько улучшились. Власти выдали разрешение на расширение помещений и строительство новых зданий, увеличился прием студентов. В 1969 году при Московской академии появился регентский класс, преобразованный в 1985 году в Регентскую школу.
С 2003 года Московская духовная семинария полностью перешла на новую пятилетнюю систему образования, а в академии состоялись два набора первокурсников на трехлетнюю систему с разделением на специализации.
Среди знаменитых выпускников академии: первый русский сатирик Антиох Кантемир, великий ученый-энциклопедист М. В. Ломоносов, математик Л.Ф. Магницкий, русский религиозный философ П. А. Флоренский; среди преподавателей — архимандрит Филарет (Гумилевский), протоиерей Александр Горский, профессоры В. О. Ключевский, Е. Е. Голубинский, А. П. Лебедев.