Кунин Евгений Викторович

КУ́НИН Евгений Викторович (р. 26 октября 1956) — российский ученый-биолог. Специалист в области компьютерной и эволюционной биологии. Сотрудник Национальной медицинской библиотеки при Национальных институтах здравоохранения (NIH) США. Живет и работает в городе Бетесда, штат Мэриленд. Автор книги «Логика случая» (2011).
Редактировать

Образование

Е.В. Кунин закончил биологический факультет МГУ в 1978 году по специальности «Вирусология». В 1983 году там же защитил кандидатскую диссертацию на тему «Специфическая ассоциация нуклеотидкиназа с репликативными комплексами вируса энцефаломиокардита» под руководством В.И. Агола.
С 1985 по 1991 год Кунин работал в лаборатории биохимии вирусов в Институте полиомиелита, в лаборатории генетики бактерий в Институте микробиологии РАН, там же заведовал лабораторией генной систематики и эволюции бактерий.
С 1991 года уехал в США, где поступил на работу в Национальную медицинскую бибилиотеку, Национальный центр биотехнологической информации. Руководит группой эволюционной геномики.
C 2002 года адъюнкт-профессор биоинформатики в Бостонском университете (США).
Редактор журнала Trends in Genetic.
Член Америанского общества микробиологии (с 1992 года), Американского общества вирусологии (с 1992 года), Американской ассоциации содействия развитию науки (с 1992 года), Нью-Йоркской академии наук (с 1993 года).
Редактировать

Научные достижения

Е.В. Кунин входит в число ведущих мировых специалистов в области эволюционной сравнительной геномики. Его основной инструмент исследования — статистический (компьютерный) анализ расшифрованных ДНК-последовательностей разных организмов и вирусов. Как один из пионеров данного направления, Кунин преследует целый ряд научных задач: разработка автоматических методов предсказания функций гена, построение эволюционных сценариев для генных семейств, реконструкция геномов предковых (вымерших) форм, сравнительный анализ филогенетических деревьев для конкретного гена, изучение архитектуры белковых доменов и эволюции сигнальных каскадов, математическое моделирование эволюции геномов и т.п. Еще в конце 1990-х он с коллегами создал постоянно пополняемую базу данных «Кластеры генов-ортологов», которой сейчас пользуется научное сообщество. У Кунина в активе свыше 600 научных работ, в том числе его имя присутствует среди авторов эпохальной статьи о расшифровке генома человека. Он фактически открыл иммунную систему у прокариот, а также предложил модель древнего «Мира вирусов», описывающую поток генетических элементов, сохранившихся с доклеточной стадии эволюции.
Кунина отличает исключительное внимание к фундаментальным вопросам эволюционной биологии, что находит отражение в его многочисленных публикациях. Средствами сравнительной геномики и системной биологии он стремится пролить свет на важнейшие этапы развития биосферы, такие как появление клетки, происхождение эукариот и эволюция вирусов. По мнению Кунина, анализ геномов, особенно эволюционно близких, позволяет исследовать характер и интенсивность адаптации и отбора для различных категорий генов в разнообразных эволюционных линиях. Особый научный интерес у Кунина вызывают т.н. недарвиновские механизмы эволюции, такие как горизонтальный перенос генов (особенно между прокариотами и эукариотами), квазиламарковское наследование (CRISPR-Cas), нейтральная фиксация мутаций. Он использует полногеномный сопоставительный анализ для проверки базовых предсказаний эволюционной теории, в том числе о соотношении нейтральной эволюции и различных режимов отбора. Кунин исследует также фундаментальную проблему возникновения сложности в биологических системах и выступает последовательным сторонником привлечения физических понятий для объяснения характера эволюционных процессов. В частности, Кунин демонстрирует возможность разработки теории эволюции с использованием моделей статистической физики.
С начала 2000-х он выражает сомнение в применимости традиционной метафоры «Дерева жизни» в глобальном масштабе. Одна из первых его публикаций на эту тему становится высоко цитируемой, превысив четыре сотни ссылок. Позже он неоднократно высказывается в пользу сетевого представления эволюции с частными включениями древовидных структур. Кунин первым догадался использовать методы сравнительной геномики, чтобы определить минимально возможный размер генома для клеточного организма. Вместе с Аркадием Мушегяном они получили результат в 256 генов, установив некий ориентир для гипотез о сложности первых одноклеточных. В 2004 году Кунин стал соавтором важной работы о происхождении эукариот. Сравнительный анализ генов ядерной оболочки и ядерной поры показал, что ядро возникло как часть процесса фрагментации клетки под воздействием архея-бактериального симбиоза.
Кунин известен своим критическим отношением к некоторым положениям современной эволюционной теории. По его мнению, феномен горизонтального переноса генов и общая динамика генетических процессов, в свете современных данных, разрушают не только привычное «Дерево жизни», но также принципы градуализма (постепенности) и адаптации путем естественного отбора. Здание синтетической теории эволюции, считает Кунин, развалилось и не подлежит ремонту – на его месте будет возведено новое. Свои представления о Третьем эволюционном синтезе и аргументацию в систематизированном виде он изложил в книге «The logic of chance: the nature and origin of biological evolution» (2011), на русском языке книга издана в 2014 году.
В 2005 году Кунин вместе с L. Landweber и D. Lipman основал научный журнал Biology Direct, с целью предложить научному сообществу отличную от традиционной систему рецензирования. Она подразумевает, что имена рецензентов не скрываются, а их отзывы и ответы авторов открыто публикуются вместе с основным текстом статьи. Это повышает ответственность сторон и снижает риск возможных злоупотреблений в ходе рецензирования. Статьи журнала выкладываются в свободный доступ.
Редактировать

Интересные факты

Евгений Кунин лидирует по цитированию научных публикаций среди российских ученых-биологов. По данным «Корпуса экспертов», его индекс Хирша равен 133.
1999 — Награда американской национальной библиотеки медицины Regents Award for Scholarly or Technical Achievement in recognition of his creative approaches to large-scale analysis of bacterial genomes and to the classifications of protein sequences.
1995 — Награда технологического института Джорждии «Фи-бетта-каппа» за лучшую исследовательскую статью года.
Отец — Виктор Кунин, ученый.
Супруга — Татьяна Сенкевич, ученый-биолог, соавтор Е. Кунина. Работает в лаборатории вирусных заболеваний в Национальном институте аллергии и инфекционных заболеваний, Бетесда, США.
Дочь — Елизавета Кунина, стажер Американского католического университета, изучает социологию.
Редактировать

Библиография

  1. Ведущий эволюционист Евгений Кунин об эволюции и геномике // Moneyjournal 07.04.2013
  2. Евгений Кунин. Эволюция, которой мы не знали. Видеолекция.
  3. Эволюция: новое о случайности и необходимости. // Химия и жизнь. №10 2012.
  4. Хроника неожиданного открытия. // Науки и жизнь. №6 2005.

Избранные научные работы

  1. Eugene V. Koonin The Logic of Chance: The Nature and Origin of Biological Evolution. — FT Press, 2011. — 516 p.
  2. Кунин Е. В. Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции / Автор. пер. с англ. = The Logics of Chance. The Nature and Origin of Biological Evolution. — М: ЗАО Издательство Центрполиграф, 2014. — 527 с.
  3. Makarova, K. S., Grishin, N. V., Shabalina, S. A., Wolf, Y. I., & Koonin, E. V. (2006). A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action.Biology direct, 1(1), 7.
  4. Koonin, Eugene V., Tatiana G. Senkevich, and Valerian V. Dolja. "The ancient Virus World and evolution of cells." Biol Direct 1.1 (2006): 29.
  5. Koonin, Eugene V. "Are there laws of genome evolution?." PLoS computational biology 7.8 (2011): e1002173.
  6. Wolf, Y. I., Rogozin, I. B., Grishin, N. V., & Koonin, E. V. (2002). Genome trees and the tree of life. TRENDS in Genetics, 18(9), 472-479.
  7. Mushegian, Arcady R., and Eugene V. Koonin. "A minimal gene set for cellular life derived by comparison of complete bacterial genomes." Proceedings of the National Academy of Sciences 93.19 (1996): 10268-10273.
  8. Mans, B. J., Anantharaman, V., Aravind, L., & Koonin, E. V. (2004). Comparative genomics, evolution and origins of the nuclear envelope and nuclear pore complex. Cell cycle, 3(12), 1612-1637.
  9. Koonin, Eugene V. "The Origin at 150: is a new evolutionary synthesis in sight?." Trends in genetics 25.11 (2009): 473-475.
Статья находится в рубриках
Яндекс.Метрика