В начале 17 в. в Загребе иезуитами был основан теологический факультет, в 1662 — философский факультет. В 1669-74 в г. Лепоглаве было основано философско-теологическое высшее учебное заведение, которое затем переведено в Загреб (1669 считается годом основания университета, хотя в то время он еще не получил права университета). В 1772-76 в Загребе, по инициативе Леопольда I Габсбурга, создается иезуитская академия со статусом университета. В 1873 Национальное собрание Хорватии приняло решение об открытии в Загребе университета (закон об его организации на основе академии был принят в январе 1874). В 1874 в университете было четыре факультета: теологический, философский, юридический и медицинский; в 1930 к ним прибавились еще 4 факультета: сельскохозяйственный, фармацевтический, ветеринарный, технический. К тому времени в университете обучалось около 4 тыс. студентов. После установления коммунистической власти в Югославии университет подвергся значительной реорганизации и реформированию, в 1948 были созданы новые факультеты.
В 1970 в Загребском университете было 25 факультетов и 3 высшие школы, обучалось около 30 тыс студентов, работало свыше 3 тыс преподавателей. После создания независимой республики Хорватия, университет подвергся значительной реорганизации и демократизации.
В 1995 в университете обучалось 53 тыс студентов. В состав университета входят 27 факультетов: сельскохозяйственный, архитектурный, специального образования и реабилитации, электроники и компьютерных технологий, химико-технологический, управления и информатики (располагается в г. Вараждин), политологии, транспортный, инженерно-судостроительный, физической культуры, фармацевтики и биохимии, философский, геодезический, геотехнический (г. Вараждин), гражданского строительства, живописи и графики, католический богословский факультет, медицинский, металлургический (г. Сисак), юридический, пищевых и биотехнологий, естественнонаучный, горнодобывающей и нефтегазовой промышленности, стоматологический, лесотехнический, текстильный, ветеринарный; 4 академии: педагогики, драматических искусств, изящных искусств, музыки; Школа дизайна. Библиотека университета насчитывает свыше 800 тыс томов.