Упоминается с 200 н. э., когда римляне проложили дорогу через Альпы. В Партенкирхене (в то время селение назвалось Партанум) расположился римский гарнизон. В Средние века по долине реки Лойзах проходил большой торговый путь между Германией и Италией. Этот район получил название «золотой страны». В 1361 под защитой замка Верденфельс в Партенкирхене появился рынок. В середине 19 в. Партенкирхен стал одним из главных курортов и дачных мест Германии и в Альпах. Два селения — Гармиш и Партенкирхен — были объединены по инициативе А. Гитлера перед проведением IV зимних Олимпийских игр 1936.
В окрестностях города расположены: замок Шахен (Schachen), дикие ущелья в Лойташе (Leutasch), Партнахе (Partnach) и Хеллентале (Hoellental), горы Ванк (Wank) и Цугшпитце (Zugspitze), заповедник Аммергебирге.