Певзнер Павел Аркадьевич

Певзнер Павел Аркадьевич (р. 5 апреля 1956, Курск) — российский ученый-биоинформатик, специалист по вычислительной биологии. Директор центра алгоритмической и системной биологии в Калифорнийском унивеситете (Сан-Диего). Работает в NIH. Мегагрант совместно с Сант-Петербургским академическим университетом РАН (с 2010).
Редактировать

Образование

Павел Певзнер родился 5 апреля 1956 года в Курске. Его детство прошло в Курске. В старших классах поступил в физико-математическую школу имени Колмогорова, которую закончил в 1973 году. В 1979 году закончил отделение прикладной математики Московского института инженеров железнодорожного транспорта (МИИТ).
В 1988 году защитил кандидатскую диссертацию в Московском физико-техническом институте.
Редактировать

Научная работа

С 1985 года по 1990 год работает младшим научным сотрудником, а затем научным и старшим научным сотрудником в лаборатории математических методов «ГосНИИгенетика» (Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов). С 1990 по 1992 год проходил постдиссертационную стажировку в отделе математики лаборатории Майкла Ватермана (Michael Waterman) Университета Южной Калифорнии.
С 1992 по1995 год Певзнер — адъюнкт-профессор факультета компьютерных наук в Пенсильванском университете. В 1995 возращается в университет Южной Калифорнии, где до 2000 года работает на позиции профессора факультетов математики, компьютерных наук и молекулярной биологии.
С 2000 года он профессор им. Рональда Тейлора кафедры информатики в университете Южной Калифорнии. С 2002 года — адъюнкт-профессор математики в Калифорнийском университете (Сан-Диего).
С 2006 по 2010 год работал профессором в Медицинском институте Говарда Хьюза. С 2006 года — директор центра алгоритмической и системной биологии в Калифорнийском унивеситете (Сан-Диего), директор центра компьютерной масс-спектрометрии Национальных институтов здравоохранения США. Член национального консультативного совета Genome Institute (Сингапур), член редакционнной коллегии журнала PLOS Computational Biology.
В 2010 году начал сотрудничество с Сант-Петербургским академическим университетом РАН (АУ) в рамках правительственного мегагранта. Под руководством П.А. Певзнера в АУ была создана лаборатория вычислительной микробиологии. В декабре 2012 года сотрудничество было продлено еще на 2 года.
В ноябре 2013 индекс Хирша Павла Певзнера равняся 66. Автор двух книг и более 500 научных работ. Является членом десяти редколлегий крупнейших журналов в области биоинформатики и вычислительной биологии.
Редактировать

Научные достижения

Разработал метод расшифровки бактериальных геномов. Под руководством П.А. Певзнера создан геномный ассмеблер SPAdes. Внес большой вклад в развитие алгоритмов геномной перестойки и секвенирования ДНК, а также в вычислительную протеомику.
Певзнер - инициатор и энтузиаст развития новых методов обучения биоинформатике в университете. В медицинском университете Говарда Хьюза им был создан специальный класс для изучения студентами основ протеомики (2007).
Редактировать

Членство в научных организациях

  • Сооснователь и председатель оргкомитета ежегодной международной конференции по вычислительной молекулярной биологии RECOMB.
  • Член совета директоров международного общества вычислительной биологиии ISCB (1998-2001)
  1. NSF Young Investigator Award (1994)
  2. Премия за внедрение современных методов обучения от медицинского института Говарда Хьюза (2006)
  3. Премия Калифорнийского университета (Сан-Диего) за исследовательские достижения (2007)
  4. Премия Международной ассоциации вычислительной техники за вклад в создание алгоритмов расчета генома (2010)
  5. Почетный доктор университета Саймона Фрейзера (2011)
Редактировать

Библиография

  1. Российская наука перед новой угрозой. Полит.ру 06.09.2012
  2. Интервью по поводу получения премии Калифорнийского университета.
  3. Two UC San Diego Computer Scientists Recognized for Contributions in Computer Systems Security, Bioinformatics.
  4. От науки - к бизнесу. Учительская газета. 14.06.2011
  5. The life puzzle solver. Feb. 2007
  6. Лекция «Биоинформатика в наше время»
  7. Лекция «Genome Rearrangements: from Biological Problems»
  8. Выступление «Sequencing antibiotics: bioinformatics meets»
  9. Биоинформатика. Окна возможностей, часть 1
  10. Биоинформатика. Окна возможностей, часть 2
  11. Как спасти российскую науку. Сноб. 01.09.2011
  12. Пресс-релиз университета Саймона Фрейзера «Honorary Degree Citations The degree of Doctor of Science, honoris causa, conferred on Dr. Pevzner» // 17 июня 2011
  13. Лекция «Персональная медицина и ассемблирование геномов: пазл с миллиардом частей»
  14. «Алгоритм возвращения». STRF.ru 16.06.2011
  15. «Биоинформатика: сomputer science в науке о жизни». STRF.ru 24.12.2013
  16. Лекция в ПОМИ РАН «Геномные перестройки: от биологических задач к комбинаторным алгоритмам (и обратно)»
  17. Благодарственная речь на церемонии вручения титула почетного доктора университета Саймона Фрайзера
  18. Выступление в UC San Diego at the DOE JGI 2009 User Meeting
  19. Собрать все звенья. Российская газета 30.10.2013

Избранные научные публикации

  1. P. Pevzner, R. Shamir. Computing has changed biology -- biology education must catch up. Science. 2009 Jul 31; 325 (5940)
  2. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach Pavel A. Pevzner, 2000
  3. An introduction to bioinformatics algorythms. N.C. Jones, P. Pevzner, 2004
  4. Hannenhalli S., Pevzner P. A. Transforming cabbage into turnip: polynomial algorithm for sorting signed permutations by reversals //Journal of the ACM (JACM). – 1999. – Т. 46. – №. 1. – С. 1-27.
  5. Pevzner P. A., Tang H., Waterman M. S. An Eulerian path approach to DNA fragment assembly // Proceedings of the National Academy of Sciences. – 2001. – Т. 98. – №. 17. – С. 9748-9753.
  6. Pevzner P. A. et al. Combinatorial approaches to finding subtle signals in DNA sequences // ISMB. – 2000. – Т. 8. – С. 269-278.
  7. Dancik, V., Addona, T. A., Clauser, K. R., Vath, J. E., & Pevzner, P. A. (1999). De novo peptide sequencing via tandem mass spectrometry. Journal of computational biology, 6 (3-4), 327-342.
  8. Bafna V., Pevzner P. A. Genome rearrangements and sorting by reversals // SIAM Journal on Computing. – 1996. – Т. 25. – №. 2. – С. 272-289.
  9. Bourque G., Pevzner P. A. Genome-scale evolution: reconstructing gene orders in the ancestral species //Genome research. – 2002. – Т. 12. – №. 1. – С. 26-36.
  10. Eskin E., Pevzner P. A. Finding composite regulatory patterns in DNA sequences // Bioinformatics. – 2002. – Т. 18. – №. suppl 1. – С. S354-S363.
  11. Hannenhalli S., Pevzner P. A. Transforming men into mice (polynomial algorithm for genomic distance problem) //Foundations of Computer Science, 1995. Proceedings., 36th Annual Symposium on. – IEEE, 1995. – С. 581-592.
Статья находится в рубриках
Яндекс.Метрика